4、 合同参与人
由于财政部将PPP项目的所有合同视为一个合同体系，其他参与人签订的一系列与PPP项目有关的合同也包含在PPP项目合同体系中，因此，PPP项目的所有参与方都被视为PPP项目合同的参与方，通常包括政府、社会资本、融资方、承包商和分包商、原材料供应商、专业运营商、保险公司和专业组织。而发改委只认为，PPP项目合同只是政府与社会资本签订的项目合作协议，不包括其他合同。因此，发改委认为，PPP项目合同的参与主体仅为政府主体和社会资本主体。这种冲突将直接影响到违约的责任和风险。
5、 PPP合作期限
根据财政部《关于印发政府与社会资本合作模式操作指南(实施)》的通知(财金〔2014〕113号)，BOT、TOT、rot合同期限一般为20-30年。根据国务院收费公路管理条例，特许经营公路的经营期限不得超过30年。但投资规模大、回报期长的公路，经批准经营期限可以超过30年。一级公路、独立桥梁、隧道的最长运营年限不得超过25年，国家确定的中西部省、自治区、直辖市的最长运营年限不得超过30年。根据《基础设施和公用事业特许经营管理办法》(国家发改委令第25号)，特许经营期原则上不超过30年。
但根据《关于进一步做好政府与社会资本合作项目示范工作的通知》(财建〔2015〕57号)，示范项目政府与社会资本合作期限原则上不少于10年。根据《中华人民共和国政府与社会资本合作法(征求意见稿)》，政府与社会资本的合作期限根据行业特点、公共产品需求、服务需求、项目生命周期等确定，投资回收期等综合因素，一般不少于25年。可以看出，财政部文件一般规定了PPP合作的最低期限，而国家发展和改革委员会文件一般仅规定PPP合作的最大期限，其中隐含的政策目标出现在纸上。
此外，财政部和国家发改委的文件也不清楚建设期是否属于合作期。在实践中，基本用户付费项目的特许经营期不应包括建设期，而建设期可以作为政府购买服务项目时合作期的一部分。
6、 《财政部关于规范政府与社会资本合作合同管理的通知》(财建〔2014〕156号)附件《PPP项目合同指南(试行)》明确指出：“PPP项目合同产生的合同纠纷，属于平等的民事主体，不适用行政复议和行政诉讼，适用民事诉讼程序。这一点不应改变，因为政府是购买力平价项目合同的一方。”本规定将PPP项目合同认定为民事协议，采用协商、专家裁决、仲裁、民事诉讼等民事纠纷解决机制。
另外，国家发改委颁布的《基础设施和公用事业特许经营管理办法(征求意见稿)》第四十八条规定：“被特许人与实施机关对特许经营协议有争议，难以通过下列方式达成协议的经协商，可以依法提起民事诉讼或者仲裁。”本文将特许经营协议界定为民事协议。然而，这一条在以六部委名义发布的《基础设施和公用事业特许经营管理办法》正式草案中被故意删除。六部委《基础设施和公用事业特许经营管理办法》的法律层面属于部门规章制度，其法律效力高于财政部财进(2014)156号文。
