(一)适用项目的范围不同
1.现行部委的相关文件的规定
(1)PPP项目适用的范围
财政部与发改委PPP相关政策文件中均对PPP模式的适用范围进行了规定，如国家发改委《关于开展政府和社会资本合作的指导意见》(发改投资(2014]2724号)中规定，PPP项目适用范围为政府负有提供责任又适宜市场化运作的公共服务、基础设施类项目。燃气、供电、供水、供热、污水及垃圾处理等市政设施，公路、铁路、机场、城市轨道交通等交通设施，医疗、旅游、教育培训、健康养老等公共服务项目，以及水利、资源环境和生态保护等项目均可推行PPP模式。根据项目的经营性质，PPP操作模式可分为：
经营性项目。对于具有明确的收费基础，并且经营收费能够完全覆盖投资成本的项目，可通过政府授予特许经营权，采用建设一运营一移交(BOT)、建设一拥有一运营一移交(BOOT)等模式推进。要依法放开相关项目的建设、运营市场，积极推动自然垄断行业逐步实行特许经营。准经营性项目。对于经营收费不足以覆盖投资成本、需政府补贴部分资金或资源的项目，可通过政府授予特许经营权附加部分补贴或直接投资参股等措施，采用建设一运营一移交(BOT)、建设一拥有一运营(BOO)等模式推进。要建立投资、补贴与价格的协同机制，为投资者获得合理回报积极创造条件。
非经营性项目。对于缺乏“使用者付费”基础、主要依靠“政府付费”
回收投资成本的项目，可通过政府购买服务，采用建设一拥有一运营(B00)、委托运营等市场化模式推进。要合理确定购买内容，把有限的资金用在刀刃上，切实提高资金使用效益。
(2)特许经营类项目适用的范围
《基础设施和公用事业特许经营管理办法》第2条规定，中华人民共和国境内的能源、交通运输、水利、环境保护、市政工程等基础设施和公用事业领域的特许经营活动，适用本办法。
《基础设施和公用事业特许经营管理办法》第19条规定，特许经营协议根据有关法律、行政法规和国家规定，可以约定特许经营者通过向用户收费等方式取得收益。向用户收费不足以覆盖特许经营建设、运营成本及合理收益的，可由政府提供可行性缺口补助，包括政府授予特许经营项目相关的其他开发经营权益。
从上述规定可以看出，特许经营类项目适用于特许经营者通过用户收费的方式获得收益的项目。此外，欧盟委员会的观点是“如果建设成本实质上是由授权机构承担，承包商并不从直接使用设施的人的付费中收取报酬，这种合同在欧盟法下应理解为公共工程合同(而不是特许权合同)”。
2015年5月国务院办公厅转发《关于在公共服务领域推广政府和社会贷本合作模式指导意见》的通知(国办发42号文)中规定，广泛采用政府和社会资本合作模式提供公共服务。在能源、交通运输、水利、环境保护、农业、林业、科技、保障性安居工程、医疗、卫生、养老、教育、文化等公共服务领域，鼓励采用政府和社会资本合作模式，吸引社会资本参与。其中，在能源、交通运输、水利、环境保护、市政工程等特定领域需要实施特许经营的，按《基础设施和公用事业特许经营管理办法》执行。
通过目前现行的上述规定可以看出PPP项目适用范围更为广泛，包括经营性项目、准经营性项目和非经营性项目。而特许经营项目主要适用于经营性项目和准经营性项目。对于完全不具有经营性的公共设施，即完全由政府付费的情形，则无法纳入特许经营项目的范畴。因此，特许经营合同属于PPP合同的一种形式，如果PPP合同构成了政府将公共事务的经营权转移给社会资本，则同时构成了特许经营合同。
2.我国目前的立法趋势
根据财政部起草的《政府和社会资本合作法(征求意见稿)》第10条规定，合作项目包括基础设施类项目和公共服务类项目。基础设施类项目包括公路、铁路、港口、机场、城市轨道交通、供水、供暖、燃气和污水垃圾处理等项目;公共服务类项目包括环境保护、大气污染治理、教育培训、公共医疗卫生、养老服务、住房保障、行政事业单位房产运行维护等项目。
此外，第9条规定，政府和社会资本合作项目应当具有公共性、公益性;风险可分担;满足物有所值评价;法律法规规定的其他要求。第25条规定：合作协议可以约定社会资本通过下列方式取得合理收益：政府付费;向使用公共产品或服务的用户收费;可行性缺口补助，包括与合作项目相关的其他配套开发经营权益;经县级以上人民政府依法批准的其他方式。根据发改委起草的《基础设施和公用事业特许经营暂行条例(征求意见稿)》第2条规定，中华人民共和国境内的基础设施和公用事业特许经营活动，适用本条例。本条例所称基础设施和公用事业，是指为社会公众提供公共产品或公共服务的能源、交通运输、水利、环境保护、市政公用、社会事业等项目及其附属设施。第11条规定，符合下列条件的项目，可以实施特许经营：社会资本具有专业技术管理优势，能够显著降低项目全生命周期成本，提高公共产品或公共服务质量效率;风险分担机制清晰，绩效监管要求明确;项目具有合理稳定的收益预期。第8条规定，特许经营协议根据有关法律、行政法规和国家规定，可以约定特许经营项目通过以下形式取得收益：向用户收费;政府支付或购买;授予相关开发经营权益。对于向用户收费的特许经营项目，在特许经营期限内，用户付费不足以覆盖项目成本及合理收益的，可由政府提供可行性缺口补助。
通过以上《政府和社会资本合作法(征求意见稿)》和《基础设施和公用事业特许经营暂行条例(征求意见稿)》两个征求意见稿的相关规定可以看出，PPP项目和特许经营类项目的范围越来越趋同，关于项目的性质的规定和获取收益的方式规定也基本一致。《基础设施和公用事业特许经营暂行条例(征求意见稿)》将完全由政府付费的项目也纳入了特许经营的范畴。
(二)性质不同
通过第一部分对PPP项目合同以及特许经营协议性质的分析可以看出，虽然我国没有明确的立法对PPP项目合同进行定性，但我国目前相关政策文件如(关于规范政府和社会资本合作合同管理工作的通知》(财金(2014]156号)、《关于开展政府和社会资本合作的指导意见》(发改投资[2014]2724号)及相关立法征求意见稿如《政府和社会资本合作法(征求意见稿)》等倾向于将PPP项目合同定性为民事合同。而对于特许经营协议，则倾向于将其定性为行政合同。
目前，实践过程中存在特许经营协议名称滥用的情形，导致部分项目合同实质内容为PPP项目合同，但名称上称呼为特许经营协议。如：安庆外环北路PPP项目是安徽省乃至全国第一例典型意义上的市政道路PPP项目，是非经营性项目采用PPP模式运作的案例。目前，新闻报道中称该项目是在市政公路这种没有收费基础的项目中采用了BOT/BOOT的特许经营方式。实质上，该项目政府与社会资本签订的合同并非特许经营协议，因其采用的是政府向社会合作方购买服务并支付费用，并非采用使用者付费的模式，按照目前现行有效的相关制度文件的规定，其属于非特许经营协议的范畴。该项目合同名义上为特许经营协议，但实质为PPP项目合同，在发生纠纷时可能面临采取行政复议或行政诉讼的争议解决方式。而采取行政诉讼方式解决争议将不利于保护社会资本。因为行政诉讼只能在当地基层法院或中院进行。
也就意味着社会资本很难赢得诉讼，这是国内民告官的现状，更何况告的是当地的一级政府。社会资本与政府的争议如果由基层法院管辖，考虑到地方政府的压力，社会资本方处于弱势角色，而如果适用民事诉讼，按照项目的标的，一般起诉到中院或者高院时，更能够排除地方政府的干扰，社会资本方也更能得到公正的结果。
(三)两者均可根据行为的性质适用民事法律规范
《最高人民法院关于适用《中华人民共和国行政诉讼法)若干问题的解释》第12条规定，公民、法人或者其他组织对行政机关不依法履行、未按照约定履行协议提起诉讼的，参照民事法律规范关于诉讼时效的规定;对行政机关单方变更、解除协议等行为提起诉讼的，适用行政诉讼法及其司法解释关于起诉期限的规定。第16条规定，对行政机关不依法履行、未按照约定履行协议提起诉讼的，诉讼费用准用民事案件交纳标准;对行政机关单方变更、解除协议等行为提起诉讼的，诉讼费用适用行政案件交纳标准。上述条文将政府不依法履行、未按照约定履行协议视同民事争议对待，而政府单方变更、解除协议等作为行政争议对待。
《最高人民法院关于适用《中华人民共和国行政诉讼法)若干问题的解释》的以下条文更加明显体现出最高法院试图将民事法律规范纳入到行政合同纠纷的审理依据的良苦用心：
第14条规定，人民法院审查行政机关是否依法履行、按照约定履行协议或者单方变更、解除协议是否合法，在适用行政法律规范的同时，可以适用不违反行政法和行政诉讼法强制性规定的民事法律规范。
第15条规定，原告主张被告不依法履行、未按照约定履行协议或者单方变更、解除协议违法，理由成立的，人民法院可以根据原告的诉讼请求判决确认协议有效、判决被告继续履行协议，并明确继续履行的具体内容;被告无法继续履行或者继续履行已无实际意义的，判决被告采取相应的补救措施;给原告造成损失的，判决被告予以赔偿。原告请求解除协议或者确认协议无效，理由成立的，判决解除协议或者确认协议无效，并根据合同法等相关法律规定作出处理。被告因公共利益需要或者其他法定理由单方变更、解除协议，给原告造成损失的，判决被告予以补偿。
从上述法律规定可以看出，不论是民事诉讼还是行政诉讼，只要行为的实质是民事行为，均可适用民事法律规范。
