根据《合同法》第十二条的规定，协议的内容一般由当事人自行约定，包括当事人的姓名或者名称、地址、标的物、数量、质量、价款或者报酬、履行期限、地点和方式，违约责任、争议解决方法等。当事人也可以参照各种合同指导性文本订立合同。PPP项目协议的主要内容是指政府或其授权机构与社会资本签订的项目协议中应包含的内容。目前，根据国家发改委《政府与社会资本合作项目总承包指南》(发改总[2014]2724号)，PPP项目协议书内容分为15个模块，适用于投融资、建设、运营等阶段，不同合作项目模式的服务和移交，具有较强的普遍性。原则上，所有PPP示范项目协议文本应包括10个一般模块：一般原则、合同主体、合作关系、项目前期工作、收入和回报、不可抗力和法律变更、合同终止、违约处理、争议解决等协议。PPP项目协议的专有模块应由政府和社会资本根据项目的具体情况选择和确定。财政部制定的《PPP项目合同指南(试行)》(财建〔2014〕156号)全面系统地介绍了PPP项目协议制度。
《指南》规定的PPP项目协议的主要内容包括PPP项目协议、概述、介绍、定义和解释、项目范围和期限、前提条件、项目融资、项目用地、项目建设、项目运营、项目维护、股权变更限制、支付机制等，履约担保、政府承诺、保险、守法义务和法律变更、不可抗力、政府的监督和干预、违约、提前终止和终止后处理机制、工程转让、适用法律和争议解决等。
此外，《办法》第十八条基础设施和公用事业特许经营管理规定，特许经营协议主要包括：项目名称和内容;特许经营方式、区域、范围和期限;项目公司的经营范围、注册资本、股东融资方式、投资比例和股权转让;数量、质量和提供的产品或服务标准;设施产权及其维护、更新、改造;监测与评价;投融资期限与方法;收益取得方法、价格与收费标准制定方法及调整程序;履约保证;特许经营期内风险分担;政府承诺和担保应急预案、临时接管方案;特许经营期届满后，项目和资产转移方式程序和要求、变更和提前终止及赔偿、违约责任、争议解决等是指由财政部、国家发改委等不同部门制定的《指导意见》和《特许经营管理办法》确定的项目协议主要内容存在差异，但在规定内容上没有实质性差异。
在实践中，PPP项目协议是政府和社会资本根据项目的实际情况签订的履约协议，协议的具体内容需要根据政府和社会资本签订PPP项目协议时，各部门的规定主要是PPP项目协议的内容只能作为实践中的参考。政府和社会资本在签订PPP项目协议时，可以参照某个部门制定的规定，也可以综合参照多个部门的规定，确保PPP项目协议的完整性。
