PPP模式的运作程序是指政府或社会资本根据实施PPP项目过程中可能涉及的主要事项和阶段进行划分。财政部制定的《政府与社会资本合作模式运行指南(试行)》(财企[2014]113号)是对PPP模式运行程序进行梳理和划分的主要规范性文件，根据该运行指南的规定，一般可以划分PPP模式运行程序在项目识别、项目准备、项目采购、项目实施、项目移交等阶段，PPP项目识别是政府或社会资本选择适合PPP模式的项目的过程。在实践中，并不是所有的基础设施和公共服务项目都适合PPP模式，PPP模式适用于投资规模较大、长期稳定、价格调节机制灵活、市场化程度高的投资规模基础设施和公共服务项目。一般的PPP项目识别是由政府或社会资本发起的。政府赞助是指县级以上地方人民政府、发展改革、财政、土地、环境保护、住房和城乡建设、交通、水利、价格、能源等部门选择适合PPP模式的政府和社会资本合作项目，金融监督等行业主管部门按照各自职责，对适合PPP模式的新建、改建项目或存量公共资产项目。还可以通过项目建议书向政府当局推荐潜在的政府和社会资本合作项目。在实践中，PPP项目主要由政府发起。
在选定和推荐的潜在购买力平价项目中。由于政府财政资金和各地发展规划的限制，在城市供水、供热、供气、污水垃圾处理、地下综合管廊、轨道交通、节能环保等基础设施和公共服务的龙头城市，医疗养老服务设施、保障性住房项目等，由行业主管部门根据区域发展需要和项目具体情况，确定项目实施的优先级别，编制项目开发的中期发展计划和年度发展计划，对列入年度发展计划的项目，项目主办单位应按政府部门要求报送有关资料。新建、改建项目应当提交可行性研究报告、项目产出说明和初步实施方案;存量项目应当提交存量公共资产的历史数据、项目产出说明和初步实施方案。
选择潜在PPP项目的主要途径是对项目的性价比和政府的承受能力进行评估。项目价值评估是指政府部门从定性和定量两个方面对项目进行的价值评估。定性分析的重点是，与传统的政府采购模式相比，政府与社会资本的合作模式能否增加供给，优化风险配置，提高运营效率，促进创新和公平竞争。定量分析主要是比较政府与社会资本合作项目全生命周期内政府支出成本现值与公共部门比较价值，并计算项目的资金价值，确定政府与社会资本合作模式是否缩短了项目的整个生命周期。对于已通过货币价值评估的项目，为保证财务的中长期可持续性，财务部将根据项目全生命周期内的财务支出、政府债务等因素，展示一些政府支付或补贴的项目的财务能力，政府支付或补助等年度财政支出不得超过当年财政收入的一定比例，项目通过性价比评价和财务承受能力论证后，方可进行项目准备。
